O Programa de Pós-Graduação em Ciência do Solo da UFPR foi criado através da Resolução 20/1977 do Conselho Universitário da UFPR, com a então denominação de “Curso de Pós-Graduação em Conservação do Solo”, nível mestrado. O início do Curso ocorreu em agosto de 1978.
Vários antecedentes contribuíram para a iniciativa de criação do Curso. Demanda de profissionais e instituições de pesquisa e extensão por aperfeiçoamento na área de solos, especialmente manejo e conservação, levou o Departamento de Solos da UFPR a ofertar, em 1976 e 1977, o Curso de Aperfeiçoamento em Manejo e Conservação do Solo (Convênio 36/76 entre UFPR e Ministério da Agricultura), que serviu de base ao grupo docente na época para atividades de pós-graduação. O Convênio de Cooperação Técnica com a Universidade Albert Lugwig de Freiburg, Alemanha, iniciado em junho de 1973 com o apoio da FAO/UNDP, possibilitou a vinda de professores alemães com o propósito de consolidar pesquisas em Ciência do Solo e Engenharia Florestal. Também através deste convênio professores do Departamento de Solos realizaram cursos de doutorado no exterior.
Em 1984, o Programa obteve reconhecimento pela CAPES, com a denominação de “Curso de Pós-Graduação em Agronomia – Área de Concentração Ciência do Solo” (Parecer 725/84-Conselho Federal de Educação).
Em 2004, a denominação do Programa mudou para a atual, “Programa de Pós-Graduação em Ciência do Solo”.
Em outubro de 2011, a CAPES aprovou o Curso de Doutorado em Ciência do Solo, com uma área de concentração, denominada “Solo e Ambiente”, e duas Linhas de Pesquisa: (i) Propriedades e processos biogeoquímicos nos ecossistemas; e (ii) Qualidade, manejo e conservação do solo e da água. Em dezembro de 2011, o COUN criou oficialmente o Curso de Doutorado (Resolução COUN 53/2011), cujas atividades iniciaram em março de 2012.